2026-10-07T15:32:05Z https://api.figshare.com/v2/oai

oai:figshare.com:article/34013481 2026-09-28T14:52:22Z category_24193 category_24202 category_24310 item_type_3 month_year_09_2026

Chinese ziquan Zhao (25122138) Genomics and transcriptomics Statistical and quantitative genetics Genomics indica rice (< <p dir="ltr">1.667XianSample.PASS.missing0.9.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.WildOutgroup.vcf.gz中包含667新增样本+5份公共数据+3份野生稻外群，包含675个样本的SNP/INDEL数据集，主要用于选择性清除分析、LD分析(不要被missing0.9误导，其实就是missing <=0.1)；</p><p dir="ltr"><br>2.667XianSample.PASS.missing0.9.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.WildOutgroup.OnlySNP.LDfilter.vcf.gz则是667XianSample.PASS.missing0.9.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.WildOutgroup.vcf.gz数据集经过LD剪枝之后的结果，主要用于群体结构分析(不要被missing0.9误导，其实就是missing <=0.1)；</p><p><br></p><p dir="ltr">3.672XianSample.50Wild.PASS.missing0.2.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.vcf.gz中包含667新增样本+5份公共数据+50份野生稻外群，包含722个样本的SNP/INDEL数据集，主要用于ggComp.plus.sh分析；<br><br>4.667XianSample.PASS.missing0.2.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.beagle.OnlyPhaseKeepMissing.vcf.gz和667XianSample.PASS.missing0.2.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.beagle.vcf.gz，则是包含667新增样本+5份公共数据+3份野生稻外群的数据集，使用beagle定相填充以及仅定相不填充的结果，主要用于HaploBlocker和IBD分析；<br></p><p dir="ltr">5.667XianSample.28Wild.PASS.missing0.2.maf0.01.Biallelic.OnlyGT.OnlySNP.vcf.gz则是包含667新增样本+5份公共数据+28份野生稻外群的数据集，主要用于基因流分析；</p><p dir="ltr">6.667XianSample_k31_sketch_Total0.1.vcf.gz则是包含667新增样本+5份公共数据+3份野生稻外群，并且随机抽样0.%后的Kmer数据集，主要用于群体结构分析。</p> 2026-09-28T14:52:22Z Dataset Dataset 10.6084/m9.figshare.34013481.v1 https://figshare.com/articles/dataset/Chinese/34013481 CC BY 4.0